为了确定自己究竟应不应该和志村团藏合作，一起去对付三代火影，卡卡西在这天深夜悄悄地潜入了根部。只不过，他尚且还没来得及展开正式的探查，就在根里非常碰巧地遇到了能够施展木遁忍术的天藏。
哪怕当时戴着面具，根本就没有暴露出自己的真实长相，天藏小孩的身体以及威力不足的木遁忍术，也足以让任何一个并不曾真正见识过千手柱间的力量的后代忍者，将两个人彻底地区分开来。
于是，卡卡西就这么在完全不清楚为什么据历史记载，整个忍界仅仅只有一代火影千手柱间一个人能够使用木遁，但是木叶忍者村里却还存在着另外一名同样能够使用木遁忍术的忍者的情况下，选择了即刻从根部撤退。
在与天藏短兵相接，不过仅仅只是随随便便过了几招的情况下，就立刻选择了转身撤退，卡卡西只感觉自己这一次的秘密查探非但没有解开原本的疑惑，反而还让自己的心头滋生出了其他更多的疑虑。
认定如此重大的机密事项，火影绝对不可能会对此一无所知，卡卡西就这么为了能够弄清楚天藏的具体情况，因此于深夜里悄悄地潜进火影楼，翻看起了那些有可能记载着这件事情的绝密资料。
原本对村子里面曾经展开过人体实验的事情，根本就是一无所知，卡卡西假如不是因为这一次的潜入，那么他是无论如何也不可能正面遇上猿飞日斩，并且从他的口中得知有关于木遁忍者的情报的。
“在这个世界上能够压制九尾的力量的，仅仅只有两种忍者。一种，是拥有血轮眼的宇智波一族；而另外一种，则是拥有木遁的忍者。”
面对着三代火影作出的这样一番解释，卡卡西瞬间瞬间便结合着实际情况知晓自己被骗了。
“写轮眼能够控制九尾的力量，这完全用不着多说，毕竟，宇智波斑当年就曾经使用这种方法控制九尾，随后和千手柱间展开了战斗。而木遁能够制服九尾的这种说法，也早就经由第一代火影本人的所作所为，而得到了印证。”
所以，既然在九尾之乱爆发的时候，宇智波警务部队之所以没能够奔赴战斗最前线参加战斗，究竟是因为什么人下达的命令的这件事情，能够被确确实实地查证清楚。
那么，再结合根部拥有木遁忍者，但是团藏却从来也没有把这个情报告知给三代火影这一点来看，波风水门之所以会为了解决九尾事件而献出生命，这件事情更应该去找谁算账，也就等于是明摆着的了。
“就算带土和琳的死，可以被归咎到作战指挥不力的三代火影身上，但是，九尾之乱的惨剧，却无论如何也不能够怪罪他。毕竟，控制宇智波一族、藏匿木遁忍者，在三代火影奔赴战斗前线的时候根本就不见踪影，所有的这些都表明了，志村团藏当时完全不打算站出来解决这件事情。”
“所以，作为那个明明有可能阻止老师在那样一场战斗中牺牲的人，志村团藏这个从头到尾都根本没有做过任何试图挽救局势的事情的人，才真正应该是那个被我视为敌人的人。”
在得知了事情真相之后，瞬间就下定了决心，要站到猿飞日斩这边来，旗木卡卡西就这么在接下来志村团藏安排人手前来暗杀猿飞日斩的时候，发挥了非常重大的作用。
一个普通的木叶忍者想要成为火影，为村子立下巨大的功劳，并且得到村中绝大部分人的拥护和爱戴，这些先决条件都是必不可少的。同时，就算已经被所有人推举成为火影，这个木叶忍者想要在接下来正常地开展工作，前往火之国的大名府，接受大名的委任，这样的一个步骤也是必不可少的。
猿飞日斩想要在自己已经一度引咎辞职的情况下再一次成为火影，离开木叶去往火之国大名府的这个环节就是无论如何也免不了的。所以，正是瞄准了这样一个外出的好时机，志村团藏才会选择安排自己的下属，挑选这个时刻暗杀猿飞日斩。
自己只身一人夜探根部的时候，虽然与木遁忍者天藏有过短兵相接，只不过，卡卡西作为一个当时顶着面具，并且在惊动其他人之前就快速撤离根部的人，从始至终也没有暴露过自己的真实身份。
所以，就算他夜探根部的事情被除了天藏以外的其他人知晓了，根部也没有任何人可以拿出证据来，证明卡卡西就是那个闯入者。
并不知道卡卡西的想法已经发生了翻天覆地的变化，只依旧以为他依旧像自己忽悠的那样，怀疑猿飞日斩，并且对他心存怨怼，志村团藏就这么在执行刺杀行动之前联络了卡卡西，要求他里应外合，帮助根部的忍者完成暗杀任务。
在自己的老师刚刚去世的时候没有选择立刻就退出暗部，卡卡西正是因为自己身为暗部成员的身份，所以才会被志村团藏盯上，认为他值得被自己拉拢过来进行利用的。
在弄清楚了究竟什么人才值得自己信任，什么人才是自己应该针对的敌人之后，更加不可能选择就此离开暗部，卡卡西就这么在波风水门去世之后不久，连同自己的暗部伙伴们一起，被猿飞日斩接了手。
面对着根部派来的忍者，卡卡西表示，自己之所以会选择成为猿飞日斩的暗部，完全就是因为他想要寻找机会，为自己的两个伙伴还有老师复仇。而面对着这样的一番说辞，团藏在得知此次负责护送三代火影往返大名府的暗部成员中，就有卡卡西后，当即便心花怒放，认定自己这边定然是稳操胜券了。
已经决定了自己究竟应该效忠于谁，卡卡西就这么在获得了团藏的信任，并且从他口中知晓了暗杀的整个流程安排之后，在队伍出发前，把有关于暗杀的所有事情，全部都告知给了猿飞日斩。因此，志村团藏的这个暗杀计划事实上还没有开始实施，就已经宣告了破产。
与暗部的伙伴们分工合作，一对一解决出现在去往大名府的路途中的根部忍者，卡卡西就这么和被委派前来执行刺杀任务的天藏交上了手。
非常清楚九尾现如今还依旧待在木叶忍者村里，而新一任的九尾人柱力就是自己老师的孩子漩涡鸣人，卡卡西在明确知道木遁忍术肯定会在将来派上无可替代的重要作用的情况下，并没有对出现在他面前的天藏下杀手。
于是，就当时的实力而言，其实自己根本就不是卡卡西的对手，天藏就这么在卡卡西有意放水的情况下，毫发无伤地完成了与他的第一次交锋，并且甚至于还做到了，没有将自身的存在暴露给其他那些，在当时忙着与根部的其余暗杀者进行分别作战的暗部。
被派出去执行暗杀任务的根部忍者几乎全军覆没，而负责执行护卫任务的暗部，又根本没有出现什么大的伤亡，这样的一个事实，已经足以说明，负责执行暗杀任务的人当中，有人背叛了团藏。
在猿飞日斩当初启程去往大名府的时候，自己一个人跑到了空无一人的火影室，团藏在认定自己这回一定会心愿得偿，顺利干掉猿飞的情况下，却非常意外地迎来了猿飞的中途折返。
在得到卡卡西提供的情报后，就直接放弃了在那天按照原定计划出发前往大名府的行程，猿飞日斩直到今天也依旧清清楚楚地记得，当他推开原定应该没有人的火影室大门的时候，自己究竟在里面看到了些什么。
平日里总是被阴沉和严肃占据的面孔，出现了难得一见的喜色，团藏当时可是满脸笑容地坐在那个属于火影的座位上，畅想着自己的未来，并且对此表示异常的兴奋与激动的。
眼看着原本应该已经被自己的下属给杀掉的猿飞日斩就这么在忽然间出现在了自己面前，团藏只需要结合一下自猿飞离开到其折返回来的这段时间的长短，以及他全身上下没有任何一丁点因为战斗而出现的污渍以及破损，就知道，自己策划的暗杀计划已经彻底失败了。
并且，那个背叛了自己的告密者，也基本上可以被断定为就是他认为已经被自己笼络过来的卡卡西。
虽然对卡卡西的所作所为表示愤怒，并且想让他为自己的背叛付出应有的代价，团藏面对着日斩，却更清楚自己接下来首先需要去应对的事情，还是自己身为暗杀计划的主谋这件事。
只不过，猿飞日斩面对着一门心思想要杀掉他取而代之的团藏，却并不打算在这个风雨飘摇的多事之秋，去惩治团藏。于是乎，因为这一次的暗杀失败而吃了一个巨大的教训，在接下来的几年时间里安分了不少的团藏，才会一直安安稳稳地掌控根部直到如今。
“这些......都是真的吗？”小的时候就已经见惯了团藏与猿飞的吵吵嚷嚷，转寝小春和水户门炎更知道，他们两个人在长大之后因为政见不和的关系，因此总是没有办法和对方达成共识，故而时常闹得不愉快。
但是，就算知道他们两个人并不是什么亲密的好朋友，他们却也无论如何不会想到，团藏真的会因为彼此之间理念的不同，而对自己从小一起长大的伙伴，更甚至于还是火影的猿飞日斩，实施暗杀计划，好确保自己能够取而代之、顺利上台。
“确实是真的。”为了村子的稳定与和平，而选择在当时把整件事情彻底瞒下来，猿飞日斩面对着现如今把整件事情都彻底撕开来的鸣人，当然非常清楚，他再继续隐瞒事实真相已经没有任何意义与作用了。
眼看转寝小春与水户门炎一副十分难以接受事实真相的样子，鸣人就这么继续道：“二位高层现阶段就表示吃惊还真的是为时太早了。毕竟据我所知，团藏还做了其他许许多多不能够被宣扬开来，并且绝对会让你们俩更加大吃一惊的事情来着。”
完全没想到，围绕着志村团藏这个将宇智波家族逼入了现如今这样如此不利的境地的人，居然在私底下做过那么多上不得台面的事情，宇智波富岳在对此表示惊讶与不齿的同时，隐隐还有一种吃瓜看戏的心态环绕胸间。
而止水，正是因为他已经见识到了，团藏这个人究竟有多么地不值得他信任与相交，他才会在此时此刻下定决心，日后都要戒备与提防对方的情况下，有效保证了自己这辈子绝对不可能会被团藏挖掉一只眼睛。
“当初那场已经失败了的刺杀事件已经过去了三年多时间，所以，在猿飞爷爷自己本人都对此表示不予计较的情况下，我也不想再继续扒着当初的事情不放。所以，现在就让我们推进到下一个事件，来好好聊一聊有关于大蛇丸的事情好了。”
虽然因为一次又一次的实验失败，而不得不放弃了移植千手柱间的细胞，帮助他人获得木遁的这个人体实验，大蛇丸却还是在对天底下的所有禁术都充满了好奇，进而展开了其他许许多多不同种类的人体实验之后，迎来了其所做的一系列事情的最终败露。
不仅仅只是村子里面而已，更包括了木叶忍者村外围，那些只居住着平民的普通村子，都在短短的几年时间里发生了大量的人口莫名失踪案件。因此，只需要针对这一系列人口失踪案进行调查，木叶会查清楚这些人之所以失踪的原因是什么，当真一点也不奇怪。
曾经因为第三次忍界大战的关系，而在自己开始进行人体实验的之后几年里，被迫暂且中断了自己的研究，大蛇丸更借助着九尾之乱，趁机在村子里面为自己俘获了许多的实验体。
因此，正是因为战乱和村子重建出现的人手不足情况，大蛇丸才会在当初不过仅仅只是一个小婴儿的天藏，都满了十一岁之后，才终于被村子里的人识破他的真面目，并且确认了他所犯下的各种罪行。